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微透析探針是微透析實驗中*重要的組成部分。所有CMA的探針除了線性探針之外，都是采用同心圓的結構來制作的。探針兩個端口，入口端和出口端。一個內部的導管能使灌流液從探針的入口端直接流到探針的頂端，隨之灌流液則會充滿半透膜和導管之間的區域，之后灌流液繼續沿著外管從出口流出。探針的所有金屬部分都經過預處理以防止灌流液中的易變成分發生氧化。

清醒的動物在做CNS的微透析實驗時，在植入探針之前需要在動物麻醉狀態下先植入一個套管，等大鼠清醒要插入探針時，可以把套管中的假探針拔出，再插入真正的探針開始實驗，這樣就不用在動物手術時就植入探針，保證探針的使用效率。